原始传奇中的神石可以通过淬炼获得更高阶段的资源，但不能把几颗相同神石直接放在合成栏里合成高级神石。神石系统通常在开服达到30天后开启，功能入口位于庄园的神石商人处。玩家需要先把多余或不适合自身职业的神石回收成神石精华，再准备1个天外神石、20个神石精华和20000传奇币，进入神石商人界面进行淬炼，产出神秘之石，用于继续获取高级神石。
具体操作顺序是先进入域外仙岛，通过石之岛、星之岛的首领、每日任务和活动收集神石，再返回庄园找到神石商人。打开神石回收功能后，选择重复神石、低属性神石或不适合当前职业的神石进行分解，获得神石精华；如果精华数量不足20个，就继续刷取活动奖励或神石地图资源，避免提前消耗。材料齐全后切换到淬炼界面，放入天外神石、20个神石精华并支付20000传奇币，确认后完成一次神秘之石淬炼。神石地图每天的奖励次数有限，进入地图后应优先挑战自身能够稳定击杀的最高等级首领，减少次数浪费。
开服刚到30天的玩家应先保留能直接提升攻击、生命、防御或职业核心属性的神石，优先解锁可镶嵌部位的孔位，再处理重复材料；战力较高、已有完整过渡配置的玩家，则可以把低级重复神石持续回收，集中神石精华和天外神石用于淬炼。神石镶嵌不是数量越多越好，同类型神石最多只有3个能够生效，超过数量后不会继续增加对应属性，因此应按照职业和装备用途分配，例如输出职业优先保留攻击、暴击类效果，承担抗伤的角色则优先保留生命、防御或减伤类效果。
神石精华还可以在神石商人处兑换不同等级的神石，适合前期孔位已经开启、但暂时没有合适神石过渡的玩家；如果已经拥有稳定的基础配置，建议优先积攒20个精华和1个天外神石，再进行淬炼，避免把精华零散兑换成低级神石。更换装备时要先确认神石是否需要拆卸、孔位是否重新解锁，并根据最终佩戴部位安排属性，才能让有限的传奇币、神石精华和天外神石转化为有效战力。